Transkriptomanalyse von rekombinanten CHO-Zellen. Von der Microarray-Entwicklung bis zur Charakterisierung von Fermentationsprozessen

Bielefelder Schriften zur Zellkulturtechnik, Bd. 13

Christina Timmermann

ISBN 978-3-8325-3770-8
131 pages, year of publication: 2014
price: 36.50 €
Transkriptomanalyse von rekombinanten CHO-Zellen. Von der Microarray-Entwicklung bis zur Charakterisierung von Fermentationsprozessen

Die Methoden der Transkriptomanalyse stellen eine Möglichkeit dar, globale Untersuchungen auf Transkriptlevel durchzuführen. Die Verwendung dieser Methoden findet auch in der Zellkultur statt, um einen "Blick in die Zelle" zu werfen und somit Rückschlüsse auf die Biopharmazeutika-Produktion schließen zu können. Im Vordergrund dieser Arbeit steht die Etablierung einer Methode zur Transkriptomanalyse für Chinese Hamster Ovary (CHO) Zellen. Ziel war die Erstellung eines CHO-spezifischen Microarrays, der die Bezeichnung CHO41K erhielt, und seine Anwendung in relevanten Fragestellungen.

Die Basis des CHO41K Microarrays wurde aus einem breiten Spektrum von CHO-Sequenzen gebildet. Der Microarray besteht aus 41 304 Probes und deckt damit nahezu das gesamte Transkriptom von CHO-Zellen ab. Die mit dem Microarray erbrachten Resultate wurden mittels quantitativer real-time reverse Transkription PCR verifiziert. Es zeigte sich, dass der Microarray nachvollziehbare und solide Ergebnisse produziert.

Zu den Anwendungen gehört die Analyse des metabolischen Shifts von der Laktatbildung zum -verbrauch, der Vergleich zweier Kultivierungssysteme mit unterschiedlichen Homogenisierungstechniken und eine Untersuchung, ob identisch geführte Kulturen dennoch transkriptionelle Unterschiede aufweisen. Die durchgeführten Anwendungen zeigen, dass mithilfe des CHO41K Microarrays eine Untersuchung des Transkriptoms bzgl. verschiedenster Fragestellungen möglich ist. Durch die Anwendung des Microarrays können Vermutungen aus der Literatur gestützt bzw. ergänzt und tiefere Einblicke ermöglicht werden.